主な中央機構は長官を頂点に以下のようになっています。

海上保安庁長官
	次長
	警備救難監
		主席監察官
		総務部・装備技術部・警備救難部・海洋情報部・交通部
		海上保安大学校・海上保安学校（門司分校・宮城分校）

地方機関は大きく分けて全国を以下の十一の管区に分けています。各管区本部の下に保安（監）部署・航空基地・航路標識事務所等が置かれ、各都道府県及びその周辺海域を担当します。
巡視船艇等は各保安部署等へ、測量船は本庁・管区本部へ、灯台業務船は各保安部署へ配属されています。

第一管区（小樽市）
管轄	北海道
海上保安部（署）	小樽・留萌・稚内・函館・（江差）・（瀬棚）・室蘭・（苫小牧）・（浦河）・釧路・（広尾）・根室・ （羅臼）・（花咲分室）・紋別・（網走）
航空基地	千歳・函館・釧路
統制通信事務所	北海道東部・北海道西部
十勝太ロラン航路標識事務所
第二管区（塩釜市）
管轄	宮城・青森・岩手・福島・秋田・山形
海上保安部（署）	宮城・（気仙沼）・（石巻）・青森・八戸・釜石・（宮古）・福島・秋田・酒田
航空基地	仙台
統制通信事務所	第二管区情報通信管理センター
第三管区（横浜市）
管轄	神奈川・茨城・栃木・群馬・埼玉・千葉・東京・山梨・静岡
海上保安部（署）	横浜・（川崎）・（小笠原）・横須賀・（湘南）・茨城・（鹿島）・（日立分室）・千葉・（木更津）・（袖ヶ浦分室）・（船橋分室）・銚子・（勝浦）・東京・下田・清水・（御前崎）・（田子の浦分室）
航空基地	羽田
統制通信事務所	第三管区情報通信管理センター
海上交通センター　東京湾　ロランセンター　千葉　水路観測所　白浜
航空整備管理センター　国際犯罪対策基地　羽田特殊救難基地　横浜機動防除基地
第四管区（名古屋市）
管轄	愛知・岐阜・三重
海上保安部（署）	名古屋・（衣浦）・（蒲郡）・（常滑）・四日市・鳥羽・（浜島分室）・尾鷲
航空基地	伊勢
統制通信事務所	第四管区情報通信管理センター
海上交通センター　名古屋港
第五管区（神戸市）
管轄	兵庫（日本海側を除く）・滋賀・大阪・奈良・和歌山・徳島・高知
海上保安部（署）	神戸・（姫路）・（西宮）・（東播磨）・大阪海上保安監部・（岸和田）・（堺）・和歌山・（下津）・田辺・（串本）・小松島・（日和佐分室）高知・（宿毛）・（土佐清水）
航空基地兼保安部	関西空港海上保安航空基地
統制通信事務所	第五管区情報通信管理センター
海上交通センター　大阪湾　水路観測所　下里
第六管区（広島市）
管轄	広島・岡山・山口（瀬戸内海側）・香川・愛媛
海上保安部（署）	広島・（岩国）・（柳井）・呉・（木江分室）・尾道・（福山）・水島・玉野・徳山・（下松分室）・（三田尻中関分室）・高松・（坂出）・（小豆島）・今治・（新居浜）・（三島川之江分室）・松山・宇和島
航空基地	広島
統制通信事務所	瀬戸内海西部
海上交通センター　備讃瀬戸・来島海峡　水路観測所　美星
第七管区（北九州市）
管轄	福岡・佐賀・長崎・大分・山口（瀬戸内海側を除く）
海上保安部（署）	門司・（下関）・（宇部）・（苅田）・（小倉分室）・若松・福岡・三池・唐津・（伊万里）・（壱岐）・長崎・（五島）・佐世保・（平戸）・対馬・（比田勝）・大分・（佐伯）・（津久見分室）・仙崎・（萩）
航空基地	福岡
統制通信事務所	北九州
海上交通センター　関門海峡
第八管区（舞鶴市）
管轄	京都・福井・兵庫（瀬戸内海側を除く）・鳥取・島根
海上保安部（署）	舞鶴・（宮津）・（香住）・敦賀・（福井）・（小浜）・境・（鳥取）・（隠岐）・浜田
航空基地	美保
統制通信事務所	第八管区情報通信管理センター
第九管区（新潟市）
管轄	新潟・富山・石川・長野
海上保安部（署）	新潟・（佐渡）・（上越）・伏木・（富山分室）・金沢・七尾・（能登）
航空基地	新潟
統制通信事務所	第九管区情報通信管理センター
第十管区（鹿児島市）
管轄	鹿児島・熊本・宮崎
海上保安部（署）	鹿児島・（喜入）・（山川）・（志布志）・串木野・名瀬・（古仁屋）・熊本・（牛深）・（八代分室）・油津・（細島）
航空基地	鹿児島
統制通信事務所	第十管区情報通信管理センター
第十一管区（那覇市）
管轄	沖縄
海上保安部（署）	石垣・（平間）・（名護）・（中城）
航空基地	那覇・石垣
慶佐次ロラン航路標識事務所

■特殊救難隊
転覆船・沈没船からの乗組員の救助や、遭難者の救助、危険物積載船の海難救助などを行います。潜水による船内捜索、ヘリコプター降下による救助など高度な知識技能が必要な事案に対応します。５隊３０名で、羽田特殊救難基地に配属されています。



■機動防除隊
石油流出事故などの際、指導・アドバイス・調整等を行う専門集団です。海上火災などにも対応します。横浜海上防災基地に配属されています。
■特別警備隊
通称特警隊。海上デモへの対応、密航船の制圧などを行う警察の機動隊に相当する部隊です。警備実施強化巡視船（通称特警船）に配属されています。
■特殊警備隊
通称ＳＳＴ。いわゆる特殊部隊です。シージャック，サリン等の有毒ガス使用事案などの高度な知識及び技術を必要とする特殊な海上警備事案に対応します。装備は、世界の警察特殊部隊と同等なものを装備しています。日本の特殊部隊の中では最多の実戦出動（船舶での暴動鎮圧、不審船の追跡など）を誇ります。大阪特殊警備基地に配属されています。