海上保安庁では日本の国土・領海・排他的経済水域の警備救難業務及び日米捜索救助協定に基づく東経１６５度・北緯１７度までの水域の救難業務を担当します。主な業務には「警備救難業務」「航路標識業務」「水路業務」の三つがあります。

巡視船艇や航空機等による領海警備、内偵捜査を含む麻薬・拳銃などの密輸の取締まりや、密航・密漁等の取締まり、航路哨戒、海難事故の救助、船舶火災・石油流出事故等への対応、海洋汚染の監視取締りなどを行います。

航路標識測定船・設標船・灯台見回り船や航行援助センター等で、灯台や航路標識などの維持管理や、無線電話・テレフォンサービス・FAXなどでの気象通報を行います。
航路標識には光波標識（灯台など）電波標識（ＤＧＰＳ局・ロランＣ局など）音波標識などがあります。また自然エネルギーの利用、歴史的・文化的灯台の保存、デザイン灯台の設置などを行っています。

本庁や各管区本部の交通部、測量船などでの水路測量・海象観測・海洋調査等を行い、海図や天測暦などの刊行、潮流・流氷などの海洋情報の管理・提供や水路通報・航行警報により、工事・自衛隊や米軍の演習・障害物などの情報提供等を行います。

離島などからの急患輸送、情勢不安地域での邦人救出、北方領土周辺などでの日本漁船の拿捕防止、大規模イベント開催時のフェリーなどへの警乗、ボート天国・各種講習会での安全指導などの活動があります。

■大規模災害への対応
地震などの自然災害や油流出事故などに対処するため、災害対策本部の設置スペースや医療設備を用意した災害対応機能強化型巡視船、物資の輸送力・消防能力を強化した災害対応機能強化型巡視艇を配備すると共に、関係各機関との防災訓練などを行っています。また専門知識を有する機動防除隊や特殊救難隊を設置しています。
■不審船への対応
日本海や東シナ海に出没する高速不審船に対処するため、第一弾として高速特殊警備船を新潟・金沢・舞鶴の各海上保安部に配属すると共に、小型高速巡視船の武装・防弾機能などを強化し、日本海側の北は秋田から南は長崎までの５保安部署に配属しています。今後は、新型４０ミリ機銃を装備した１０００トンクラスおよび２０００トンクラスの新大型高速巡視船も整備されます。また海上自衛隊との共同訓練や情報交換を行い、海上警備行動発令時は共同して対処することになっています。
上記の対策などにより、２００１年１２月２２日に発生した不審船事件では不審船は沈没してしまいましたが、取り逃がさずにすみました。この不審船事件の教訓で、今後は全ての警備救難業務用船に防弾機能強化の改装が施される予定です。またより有効な兵器を搭載した巡視船も今後建造されます。
■東南アジアの海賊対策
近年、マラッカ海峡周辺を中心に海賊被害が急増し、周辺諸国の悩みのたねとなっています。海上保安庁では関係諸国との情報交換をするとともに、周辺海域にヘリコプター搭載巡視船を派遣し、関係各国の海上治安機関との共同訓練を行い、周辺海域のパトロールを行なっています。